Results of a sample-to-cutoff ratio using Abbott Architect rHTLV-I/II assay allow to predict detection of HTLV-1 and HTLV-2 proviral DNA by real-time PCR / Resultados da razão sinal da amostra sobre o cutoff da reação no ensaio Abbott Architect rHTLV-I/II permite prever a detecção de DNA proviral por PCR em tempo real

The present study aims to correlate the sample-to-cutoff ratios (S/CO) distributions of reactive results for HTLV-1/2 antibodies with the detection of proviral DNA in a population of blood donor candidates. It was carried out a retrospective data search of 632 HTLV-1/2 reactive samples, submitted to confirmatory testing from January 2015 to December 2019. Serological screening was performed by chemiluminescent microparticle immunoassay Architect rHTLV-I/II, whereas confirmatory testing was performed by in-house real-time polymerase chain reaction method. 496 out of 632 samples (78%) had undetectable HTLV-1/2 proviral DNA and 136 (22%) had detectable proviral DNA. HTLV infection was not confirmed in any individual for whom the S/CO ratio value was <4, and proviral DNA detection rates gradually escalated as S/CO ratio values increased. The sensitivity and predictive positive value found for the Architect rHTLV-I/II was 100% and 22%, respectively. The receiver operating characteristic (ROC) curve analysis showed that the optimal S/CO ratio value for predicting the presence of HTLV-1/2 was 18.11. High S/CO ratios were more associated with the detection of proviral DNA. The S/CO ratio value <4 suggests excluding true HTLV infection and the risk of blood transmission (AU).

O estudo tem como objetivo correlacionar às distribuições das razões sample-to-cutoff (S/CO) de resultados reagentes para anticorpos HTLV-1/2 com a detecção de DNA proviral em uma população de candidatos à doação de sangue. Realizou-se uma busca retrospectiva de dados de 632 amostras reagentes para HTLV-1/2 submetidas à testagem confirmatória entre janeiro de 2015 a dezembro de 2019. A triagem sorológica foi realizada pelo imunoensaio quimioluminescente de micropartículas Architect rHTLV-I/II, enquanto o teste confirmatório foi realizado pelo método de PCR em tempo real in-house. 496 de 632 amostras (78%) apresentaram DNA proviral indetectável e 136 (22%) apresentaram DNA proviral detectável. A infecção por HTLV não foi confirmada em nenhum indivíduo com valor de S/CO <4 e as taxas de detecção de DNA proviral escalonaram gradualmente à medida que as razões S/CO aumentaram. A sensibilidade e valor preditivo positivo encontrados para o Architect rHTLV-I/II foram 100% e 22%, respectivamente. Utilizando análise de curva ROC, o valor de razão S/CO ideal para predizer a presença de DNA proviral foi de 18,11. Razões S/CO elevadas foram mais associadas à detecção de DNA proviral. Em suma, o valor de S/CO <4 sugere a exclusão de infecção por HTLV e o risco de transmissão pelo sangue (AU).

Ultrasensitive molecular tests for Plasmodium detection: applicability in control and elimination programs and reference laboratories / Pruebas moleculares ultrasensibles para la detección de Plasmodium: aplicabilidad en los programas de control y eliminación y en los laboratorios de referencia / Testes moleculares ultra-sensíveis para detecção de Plasmodium: aplicabilidade em programas de controlo e eliminação e laboratórios de referencia

ABSTRACT Objective. To evaluate molecular tools to detect low-level parasitemia and the five species of Plasmodium that infect humans for use in control and elimination programs, and in reference laboratories. Methods. We evaluated 145 blood samples from patients who tested positive by nested polymerase chain reaction (nPCR), from asymptomatic individuals and from the WHO Global Malaria Programme/United Kingdom National External Quality Assessment Service. Samples were assayed using the genus-specific RealStar® Malaria PCR Kit 1.0 (alt-Gen; altona Diagnostics) and the RealStar® Malaria Screen & Type PCR Kit (alt-S&T; altona Diagnostics). The results from the molecular tests were compared with those from quantitative PCR (qPCR), nPCR and thick blood smear. Results. The levels of parasitemia ranged from 1 to 518 000 parasites/µL, depending on the species. Compared with nPCR, alt-S&T had a sensitivity of 100%, except for identifying P. falciparum, for which the sensitivity was 93.94%. All samples positive by alt-Gen were also positive by nPCR. When comparing alt-Gen to qPCR, the sensitivity was 100% for P. vivax, P. malariae and P. falciparum. For all Plasmodium species, the correlation between cycle threshold values of alt-S&T and alt-Gen compared with qPCR was significant (P < 0.0001, Spearman's test), with r = 0.8621 for alt-S&T and r = 0.9371 for alt-Gen. When all Plasmodium species were considered, there was a negative correlation between the level of parasitemia and real-time PCR cycle threshold values (P < 0.0001). In this study, only 2 of 28 samples from asymptomatic individuals were positive by thick blood smear; however, all 28 of these samples were positive by alt-S&T. Conclusions. The alt-Gen and alt-S&T assays are suitable for detecting submicroscopic infections for distinct epidemiological purposes, such as for use in surveys and reference laboratories, and screening in blood banks, which will contribute to global efforts to eliminate malaria.

RESUMEN Objetivo. Evaluar herramientas moleculares para detectar bajos niveles de parasitemia y las cinco especies de Plasmodium que infectan a los seres humanos, a fin de emplearlas en los programas de control y eliminación y en los laboratorios de referencia. Métodos. Se evaluaron 145 muestras de sangre de pacientes positivos por reacción en cadena de la polimerasa anidada (nPCR), de individuos asintomáticos y de muestras del Programa Mundial de Malaria de la Organización Mundial de la Salud/Servicio Nacional de Evaluación Externa de Calidad del Reino Unido. Las muestras se analizaron con el kit de PCR RealStar® Malaria 1.0 (alt-Gen; altona Diagnostics), específico para cada género, y con el kit de PCR RealStar® Malaria Screen & Type (alt-S&T; altona Diagnostics). Se compararon los resultados de las pruebas moleculares con los de la PCR cuantitativa (qPCR), la nPCR y el frotis de gota gruesa. Resultados. Los niveles de parasitemia oscilaron entre 1 y 518 000 parásitos/µl, según la especie. En comparación con la nPCR, la prueba alt-S&T tuvo una sensibilidad del 100%, excepto para la identificación de P. falciparum, para el cual la sensibilidad fue del 93,94%. Todas las muestras positivas por alt-Gen lo fueron también por nPCR. Al comparar alt-Gen con la qPCR, la sensibilidad fue del 100% para P. vivax, P. malariae y P. falciparum. Para todas las especies de Plasmodium, la correlación entre los valores del umbral de ciclo de alt-S&T y alt-Gen en comparación con la qPCR fue significativa (P < 0,0001, prueba de Spearman), con r = 0,8621 para alt-S&T y r = 0,9371 para alt-Gen. Cuando se consideraron todas las especies de Plasmodium hubo una correlación negativa entre el nivel de parasitemia y los valores de umbral de ciclo de PCR en tiempo real (P < 0,0001). En este estudio, solo 2 de las 28 muestras de individuos asintomáticos fueron positivas por frotis de gota gruesa; sin embargo, las 28 muestras fueron positivas por alt-S&T. Conclusiones. Los ensayos alt-Gen y alt-S&T son adecuados para detectar infecciones submicroscópicas con distintos fines epidemiológicos, como su uso en investigaciones y laboratorios de referencia y el cribado en bancos de sangre, lo que contribuirá a los esfuerzos mundiales para eliminar la malaria.

RESUMO Objectivo. Avaliar ferramentas moleculares para detectar parasitemia de baixo nível e as cinco espécies de Plasmodium que infectam humanos, para utilização em programas de controlo e eliminação e em laboratórios de referência. Métodos. Avaliámos 145 amostras de sangue de doentes que testaram positivo por reacção em cadeia da polimerase aninhada (nPCR), de indivíduos assintomáticos, e do Programa Global de Paludismo da Organização Mundial de Saúde/Serviço Nacional de Avaliação da Qualidade Externa do Reino Unido. As amostras foram ensaiadas utilizando o RealStar® Malaria PCR Kit 1.0 (alt-Gen; altona Diagnostics) e o RealStar® Malaria Screen & Type PCR Kit (alt-S&T; altona Diagnostics). Os resultados dos testes moleculares foram comparados com os resultados da PCR quantitativa (qPCR), nPCR e exame da gota espessa. Resultados. Os níveis de parasitemia variaram de 1 a 518 000 parasitas/µL, dependendo da espécie. Em comparação com a nPCR, alt-S&T tinha uma sensibilidade de 100%, excepto na identificação de P. falciparum, para a qual a sensibilidade era de 93,94%. Todas as amostras positivas por alt-Gen foram também positivas por nPCR. Ao comparar alt-Gen com qPCR, a sensibilidade foi de 100% para P. vivax, P. malariae e P. falciparum. Para todas as espécies Plasmodium, a correlação entre os valores limiares de ciclo de alt-S&T e alt-Gen comparados com qPCR foi significativa (P < 0,0001, teste de Spearman), com r = 0,8621 para alt-S&T e r = 0,9371 para alt-Gen. Quando todas as espécies de Plasmodium foram consideradas, houve uma correlação negativa entre o nível de parasitemia e os valores limiares do ciclo de PCR em tempo real (P < 0,0001). Neste estudo, apenas 2 de 28 amostras de indivíduos assintomáticos foram positivas por exame da gota espessa; no entanto, todas estas 28 amostras foram positivas por alt-S&T. Conclusões. Os ensaios alt-Gen e alt-S&T são adequados para a detecção de infecções submicroscópicas para fins epidemiológicos distintos, tais como para utilização em inquéritos e laboratórios de referência e o rastreio em bancos de sangue, o que contribuirá para os esforços globais de eliminação da malária.

Impacto do uso da reação em cadeia da polimerase para o diagnóstico de meningite bacteriana em substituição a contraimunoeletroforese / Impact of using polymerase chain reaction for the diagnosis of bacterial meningitis in substitution for counterimmunoelectrophoresis

Introdução: a meningite bacteriana é um grave problema de Saúde Pública mundial, tendo como principais agentes: Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae e Haemophilus influenzae. A metodologia de diagnóstico empregada no Instituto Adolfo Lutz ­ Centro de Laboratório Regional Santo André até o ano de 2011 era a contraimunoeletroforese (CIE), depois foi substituída pela reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR), que apresenta maior sensibilidade. Objetivo: este trabalho objetivou comparar ambas as metodologias no período de 2009 a 2018, para avaliação do impacto da introdução da qPCR no diagnóstico das meningites bacterianas nos 7 municípios da região do ABC do Estado de São Paulo. Metodologia: foram avaliadas a quantidade total de exames realizados, a média mensal, a positividade no período, os municípios requisitantes e a prevalência das bactérias causadoras de meningite, no período de abril/2009 até dezembro/2018. Resultados: Foram 377 exames de CIE e 1305 de qPCR, com média anual de 230 exames em 2010-2013 e 130 exames em 2014-2018. Observou-se aumento da positividade entre as técnicas, 17,8% para CIE e 33,8% para qPCR. N. meningitidis foi responsável pela maioria dos casos entre 2011 e 2013, cerca de 61% dos casos positivos, enquanto que entre 2014 e 2018 foi S. pneumoniae, cerca de 53%. Conclusão: os resultados indicaram que a qPCR foi mais eficiente em detectar os agentes causadores de meningite bacteriana na região do que a técnica de CIE. Por fim, este trabalho suporta a implantação da metodologia de qPCR para diagnóstico de meningite em substituição de técnicas menos sensíveis.

Introduction: bacterial meningitis is still a serious worldwide public health problem, and the main etiological agents are: Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae. The diagnostic methodology employed at the Adolfo Lutz Institute ­ Santo André Regional Laboratory Center until 2011 was the ounterimmunoelectrophoresis (CIE), then it was replaced by the real-time polymerase chain reaction (qPCR), which is more sensitivity. Objective: this study aimed to compare both methodologies from 2009 to 2018 to evaluate the impact of the introduction of qPCR in the diagnosis of bacterial meningitis in the 7 cities of the ABC region of São Paulo State. Methodology: the total number of tests performed, the month average, the positivity in the period, the requesting cities and the prevalence of bacteria causing meningitis were evaluated from April/2009 to December/2018. Results: there were 377 CIE exams and 1305 qPCR exams, with an annual average of 230 exams in 2010-2013 and 130 exams in 2014-2018. There was an increase in positivity between the performed techniques, 17.8% for CIE and 33.8% for qPCR. N. meningitidis accounted for most cases of bacterial meningitis between 2011 and 2013, about 61% of positive cases, whereas between 2014 and 2018 it was S. pneumoniae, with about 53%. Conclusion: the results indicated that qPCR was more efficient in detecting the agents that cause bacterial meningitis in the region than the CIE technique. Finally, this work supports the implementation of qPCR methodology for diagnosis of meningitis in replacement of less sensitive techniques.

Investigação da população de Enterococcus faecalis em pacientes com pólipo e câncer colorretal em comparação a indivíduos saudáveis / Investigation of enterococcus faecalis population in patients with polyp and colorectal cancer in comparison of healthy individuals

ABSTRACT BACKGROUND: Colorectal cancer is one of the most commonly diagnosed cancers around the world. One of the factors involved in the development of colorectal cancer is the changes in the normal flora of the intestine. OBJECTIVE: In this study, the mean copy number of Enterococcus faecalis in people with polyps and people with colorectal cancer has been evaluated in comparison with healthy controls. METHODS: In this study, 25 patients with colorectal cancer and 28 patients with intestinal polyps were selected and stool specimens were taken. In addition, 24 healthy individuals were selected as control group. Extraction of bacterial DNA from the stool sample were performed. The molecular methods of PCR for confirmation of standard strain and absolute Real Time PCR (qRT-PCR) method were used to evaluate the number of Enterococcus faecalis in the studied groups. RESULTS: The results of this study indicate that the mean copy number of Enterococcus faecalis in patients with colorectal cancer was 11.2x109 per gram of stool, and in patients with polyps was 9.4x108 per gram of stool. In healthy people, this number was 9x108 per gram of stool. There was a significant difference between the implicit copy numbers in the three groups. (P<0.05). CONCLUSION: Enterococcus faecalis in faecal flora of people with colorectal cancer was significantly higher than those with polyps and healthy people. This could potentially signify the ability of this bacterium to induce colorectal cancer. More studies are needed to prove this theory.

RESUMO CONTEXTO: O câncer colorretal é um dos cânceres mais comumente diagnosticados em todo o mundo. Um dos fatores envolvidos no desenvolvimento do câncer colorretal é a mudança na flora normal do intestino. OBJETIVO: O número médio de cópias de Enterococcus faecalis em pessoas com pólipos e pessoas com câncer colorretal foram avaliados em comparação com controles saudáveis. MÉTODOS: Neste estudo, 25 pacientes com câncer colorretal e 28 pacientes com pólipos intestinais foram selecionados e amostras de fezes foram adquiridas. Além disso, 24 indivíduos saudáveis foram selecionados como grupo controle. A extração do DNA bacteriano da amostra coletada foi executada. Os métodos moleculares de PCR para confirmação da cepa padrão e o método absoluto de PCR em tempo real (qRT-PCR) foram utilizados para avaliar o número de Enterococcus faecalis nos grupos estudados. RESULTADOS: Os resultados deste estudo indicam que o número médio de cópias de Enterococcus faecalis em pacientes com câncer colorretal foi de 11,2x109 por grama de fezes, e em pacientes com pólipos foi de 9,4x108 por grama de fezes. Em pessoas saudáveis, este número foi de 9x108 por grama de fezes. Houve diferença significativa entre os números de cópia implícita nos três grupos. (P<0,05). CONCLUSÃO: Enterococcus faecalis na flora fecal de pessoas com câncer colorretal foi significativamente maior do que aqueles com pólipos e pessoas saudáveis. Isto poderia potencialmente significar a capacidade desta bactéria para induzir o câncer colorretal. Mais estudos são necessários para provar esta teoria.

Evaluation of p16ink4a expression and presence of HPV-16 DNA by real time PCR in patients with oral leukoplakia / Avaliação da expressão da p16Ink4a e a presença do DNA do HPV-16 pela Real time PCR em pacientes com leucoplasia bucal

Objetivo: Avaliar a expressão do p16Ink4a por imunohistoquímica e a presença do HPV16 pela Real time PCR em tecido fresco, plasma e saliva de pacientes com leucoplasia bucal (LB) e hiperplasia fibrosa inflamatória (HFI). Material e métodos: Foram incluídos 67 pacientes com o diagnóstico de LB e 44 pacientes com diagnóstico de HFI no estudo. Foram coletados dados sociodemográficos, clinicopatológicos, amostras de tecido fresco, sangue e saliva, que foram armazenados em um freezer a -80o C para realização de análise molecular. Também foi utilizado o tecido parafinizado para realização da imunohistoquímica para a p16Ink4a. As amostras de materiais biológicos obtidos dos pacientes foram submetidas à detecção do DNA do HPV-16 pela Real time PCR. O tecido parafinizado dos mesmos pacientes foram utilizados para avaliar a expressão da p16Ink4a pela imunohistoquímica. Resultados: Dos 67 pacientes incluídos de LB no estudo, 55,2% eram do sexo masculino com uma média de idade de 57,1 anos. Os pacientes idosos (>45 anos) compuseram 86,6% da amostra. As localizações anatômicas mais acometidas por LB foram a mucosa jugal (35,8%) e língua (20,9%). Sobre o tabagismo, 71,8% dos pacientes eram fumantes, onde a maioria (47,8%) foi classificada como tabagista leve. Em relação ao consumo de álcool, 47,4% eram alcoolistas, sendo a sua maioria classificada como alcoolista leve (59,3%). O grupo HFI foi composto por 54,5% pacientes do sexo masculino com uma média de idade de 57,3 anos. 90,9% dos pacientes eram idosos (>45 anos). A ocorrência das lesões foram em mucosa jugal (31,8%) e rebordo alveolar (25%). A expressão para p16Ink4a na LB foi fraca (41,8%) e para o grupo HFI, majoritariamente a expressão foi forte (68,2%). Real time PCR não detectou HPV-16 em nenhumas das amostras analisadas. Conclusão: Os achados em nosso estudo mostraram que a detecção de HPV de alto risco em tecido fresco, plasma e saliva para LB e HFI não se correlacionaram com a superexpressão da p16Ink4a(AU)

Objective: To evaluate the expression of p16Ink4a by immunohistochemistry and the presence of HPV-16 by Real time PCR in fresh tissue, blood plasma, and saliva of patients with oral leukoplakia (OL) and inflammatory fibrous hyperplasia (IFH). Material and methods: Sixty-seven patients with the diagnosis of OL and 44 patients with the diagnosis of IFH were included in the study. Sociodemographic, clinicopathological, fresh tissue, blood, and saliva samples were collected and stored at - 80o C for molecular analysis. Paraffinized-embedded tissue was also used to perform the immunohistochemistry for p16Ink4a. Samples of biological material obtained from the patients were submitted to HPV-16 DNA detection by real time PCR, both with specific probes. Paraffinized-embedded tissue from the same patients were used to evaluate the expression of p16ink4a by immunohistochemistry. Results: Out of the 67 included OL patients, 55.2% were male with a mean age of 57.1 years. Elderly patients (> 45 years) comprised 86.6% of the sample. The prevalence of lesions was highest in the buccal mucosa (35.8%) followed by the mobile tongue (20.9%). 71.8% were smokers and the majority (47.8%) was classified as light smoker. Regarding alcohol consumption, 47.4% were alcoholics, most of whom were classified as light alcoholics (59.3%). The IFH group was composed of 54.5% of male patients with a mean age of 57.3 years. 90.9% of the sample were elderly patients (> 45 years). The highest occurrence of the lesions was in buccal mucosa (31.8%) and alveolar ridge (25%). The expression for p16Ink4a in LB was mostly weak (41.8%) and for the IFH group, the expression was mostly strong (68.2%). There was no positivity in any of the samples for HPV-16 by real time PCR. Conclusion: Our findings showed the HR-HPV detection in fresh tissue, plasma blood and saliva for OL and IFH does not correlate with p16Ink4a immunoexpression in paraffinized-embedded tissue(AU)

Gene Polymorphisms in FAS (Rs3740286 and Rs4064) Are Involved in Endometriosis Development in Brazilian Women, but not those in CASP8 (rs13416436 and rs2037815) / Polimorfismos do gene FAS (rs3740286 e rs4064) estão envolvidos no desenvolvimento de endometriose em mulheres brasileiras, mas não os no CASP8 (rs13416436 e rs2037815)

Abstract Objective The present study aims to investigate the association between caspase-8 (CASP8) (rs13416436 and rs2037815) and Fas cell surface death receptor (FAS) (rs3740286 and rs4064) polymorphisms with endometriosis in Brazilian women. Methods In the present case-control study, 45 women with a diagnosis of endometriosis and 78 normal healthy women as a control group were included. The genotyping was determined by real-time polymerase chain reaction (PCR) with Taqman hydrolysis probes (Thermo Fisher Scientific, Darmstadt, Germany). Genotypic and allelic frequencies were analyzed using Chi-squared (χ2) test. In order to determine the inheritance models and haplotypes ,SNPStats (Institut Català d'Oncologia, Barcelona, Spain) was used. Levels of 5% (p = 0.05) were considered statistically significant. Results No significant difference was observed in genotypic or allelic frequencies between control and endometriosis groups for rs13416436 and rs2037815 (CASP8 gene). On the other hand, a significant difference between rs3740286 and rs4064 (FAS gene) was found. Regarding polymorphisms in the FAS gene, a statistically significant differencewas found in co-dominant and dominantmodels. Only the haplotype containing the rs3740286A and rs4064G alleles in the FAS gene were statistically significant. Conclusion The polymorphisms in the CASP8 gene were not associated with endometriosis. The results indicate an association between FAS gene polymorphisms and the risk of developing endometriosis.

Resumo Objetivo Investigar a associação entre os polimorfismos dos genes caspase-8 (CASP8) (rs13416436 e rs2037815) e FAS (rs3740286 e rs4064) em mulheres brasileiras com endometriose. Métodos Trata-se de um estudo do tipo caso-controle, no qual foram incluídas 45 mulheres com diagnóstico de endometriose e 78 controles. A genotipagem das amostras foi determinada usando a reação em cadeia de polimerase em tempo real com sondas de hidrólise TaqMan (Thermo Fisher Scientific, Darmstadt, Germany). As frequências genotípicas e alélicas foram analisadas usando o teste do qui-quadrado. O SNPStats (Institut Català d'Oncologia, Barcelona, Espanha) foi usado para determinar os modelos de herança e os haplótipos. Os níveis de significância estatística considerados foram de 5% (p = 0,05). Resultados Não foi observada diferença significativa nas frequências genotípicas ou alélicas entre os grupos de controle e de endometriose para os polimorfismos rs13416436 e rs2037815 (gene CASP8). Por outro lado, foi encontrada uma diferença significativa entre os polimorfismos rs3740286 e rs4064 (gene FAS). Em relação aos polimorfismos do gene FAS, foi encontrada uma diferença estatisticamente significativa nos modelos codominante e dominante. Apenas o haplótipo contendo os alelos rs3740286A e rs4064G no gene FAS foi estatisticamente significativo. Conclusão Não há associação entre os polimorfismos do gene CASP8 e endometriose. Entretanto, há associação entre os polimorfismos do gene FAS e o risco de desenvolver endometriose.

Procedimentos de regeneração pulpar: avaliação longitudinal imune / Procedimentos de regeneração pulpar: avaliação imune / Pulpar regeneration procedures: Longitudinal imune assessment

O tratamento endodôntico em dentes com desenvolvimento radicular incompleto está relacionado a algumas dificuldades e limitações. Entretanto, apesar das dificuldades técnicas, a alta susceptibilidade à fratura de dentes com rizogênese incompleta representa o fator chave para a busca de novas modalidades terapêuticas. Adicionalmente, as deficiências estéticas e funcionais apresentadas pelas terapias reabilitadoras após a perda de um elemento dentário permanente em um paciente jovem, também são fatores importantes e estimuladores. Assim, fica evidente a necessidade de pesquisas que disponibilizem novas opções terapêuticas conservadoras, com resultados previsíveis. O estudo objetivou investigar a resposta imunoinflamatória de dentes submetidos a diferentes protocolos descritos na literatura para se executar a terapia endodôntica regeneradora. Para isso, a expressão de moléculas inflamatórias e fatores de crescimento/diferenciação celular expressos nos tecidos pulpares foram analisados em diferentes intervalos de tempo, utilizando-se um modelo murino desenvolvido para a presente pesquisa. 54 Camundongos Balb/C tiveram as câmaras pulpares de seus molares superiores abertas e, subsequentemente submetidas à pulpectomia. Os animais foram então divididos em 3 grupos: grupo Sangramento (Blood) ­ preenchimento do espaço pulpar com coágulo sanguíneo; grupo EDTA + Sangramento (EDTA + Blood) ­ irrigação dos canais com solução de EDTA a 17% por 1 min, seguido do preenchimento do espaço pulpar com coágulo sanguíneo; grupo Vazio (Empty) ­ espaço pulpar deixado vazio. Cada grupo foi composto por 18 animais. De cada grupo, 6 animais foram sacrificados nos intervalos de 7, 14 e 21 dias após os experimentos. Utilizando-se a análise da reação em cadeia da polimerase em tempo real (Real Time PCR) avaliou-se a expressão gênica das citocinas IL-1, TNF-ß, IL-10 e dos fatores de crescimento/diferenciação NGF, IGF e VEGF, comparando-se tais achados inter e extra-grupos, nos diferentes períodos de avaliação. Os resultados demonstraram as maiores expressões dos mediadores pró-inflamatórios no grupo Empty, assim como uma maior expressão de mediadores anti-inflamatórios no grupo experimental preenchido com o coágulo sanguíneo. O grupo EDTA + Blood evidenciou a maior expressão gênica de fatores de crescimento/diferenciação, em todos os períodos analisados, quando comparado aos demais grupos. Pode-se concluir que a irrigação com solução de EDTA a 17%, previamente ao preenchimento dos sistemas de canais radiculares (SCR) com o scaffold (coágulo sanguíneo), estimulou a expressão aumentada de mediadores relacionados ao sucesso da terapia endodôntica regenerativa. Adicionalmente, o modelo animal desenvolvido para a pesquisa mostrou-se eficaz para se analisar longitudinalmente a modulação imune que se processa nos tecidos pulpoperirradiculares após a instituição da terapia.(AU)

Endodontic treatment in teeth with incomplete root development is related to some difficulties and limitations. However, despite the technical difficulties, the high susceptibility to fracture of teeth with incomplete rhizogenesis represents the key factor for the search for new therapeutic modalities. Additionally, the aesthetic and functional deficits presented by rehabilitation therapies after the loss of a permanent dental element in a young patient are also important and stimulating factors. Thus, it is evident the need for research that offers new conservative therapeutic options, with predictable results. Aimed to investigate the immunoinflammatory response of teeth submitted to different protocols described in the literature to perform the regenerative endodontic therapy. For this, the expression of inflammatory molecules and cell growth/differentiation factors expressed in pulpal tissues were analyzed at different time intervals using a murine model developed for the present study. 54 Balb/C mice had the pulp chambers of their upper molars opened and subsequently submitted to pulpectomy (one tooth per animal). The animals were then divided into 3 groups: Bleeding group - filling of the pulp space with blood clot; EDTA + Bleeding group (EDTA + Blood) - irrigation of the channels with 17% EDTA solution for 1 min, followed by filling of the pulp space with blood clot; Empty - pulp space left empty (negative control). Each group consisted of 18 animals. From each group, 6 animals were sacrificed at 7, 14 and 21 day intervals after the experiments. Using real-time polymerase chain reaction (RT-PCR), the cytokines IL-1, TNF-ß, IL-10 and the growth/differentiation factors NGF, IGF and VEGF, comparing such inter and extra group findings in the different evaluation periods. The results showed the highest expressions of the pro-inflammatory mediators in the Empty group, as well as a greater expression of anti-inflammatory mediators in the Experimental group filled with the blood clot. The EDTA + Blood group evidenced the greater gene expression of growth / differentiation factors, in all periods analyzed, when compared to the other groups. It can be concluded that irrigation with 17% EDTA solution, prior to filling the root canals system with the scaffold (blood clot), stimulated the increased expression of detrimental mediators for the success of regenerative endodontic therapy. Additionally, the animal model developed for the research proved to be effective in longitudinally analyzing the immune modulation that occurs in octopus-periradicular tissues after the institution of therapy.(AU)

Zika Virus Infection in Pregnant Women and Microcephaly / Infecção do vírus Zika em gestantes e microcefalia

Abstract From the discovery of the Zika virus (ZIKV) in 1947 in Uganda (Africa), until its arrival in South America, it was not known that it would affect human reproductive life so severely. Today, damagetothe central nervous system is known to be multiple, and microcephaly is considered the tip of the iceberg. Microcephaly actually represents the epilogue of this infection's devastating process on the central nervous system of embryos and fetuses. As a result of central nervous system aggression by the ZIKV, this infection brings the possibility of arthrogryposis, dysphagia, deafness and visual impairment. All of these changes of varying severity directly or indirectly compromise the future life of these children, and are already considered a congenital syndrome linked to the ZIKV. Diagnosis is one of the main difficulties in the approach of this infection. Considering the clinical part, it has manifestations common to infections by the dengue virus and the chikungunya fever, varying only in subjective intensities. The most frequent clinical variables are rash, febrile state, non-purulent conjunctivitis and arthralgia, among others. In terms of laboratory resources, there are also limitations to the subsidiary diagnosis. Molecular biology tests are based on polymerase chain reaction (PCR)with reverse transcriptase (RT) action, since the ZIKV is a ribonucleic acid (RNA) virus. The RT-PCR shows serum or plasma positivity for a short period of time, no more than five days after the onset of the signs and symptoms. The ZIKVurine test is positive for a longer period, up to 14 days. There are still no reliable techniques for the serological diagnosis of this infection. If there are no complications (meningoencephalitis or Guillain-Barré syndrome), further examination is unnecessary to assess systemic impairment. However, evidence is needed to rule out other infections that also cause rashes, such as dengue, chikungunya, syphilis, toxoplasmosis, cytomegalovirus, rubella, and herpes. There is no specific antiviral therapy against ZIKV, and the therapeutic approach to infected pregnant women is limited to the use of antipyretics and analgesics. Anti-inflammatory drugs should be avoided until the diagnosis of dengue is discarded. There is no need to modify the schedule of prenatal visits for pregnant women infected by ZIKV, but it is necessary to guarantee three ultrasound examinations during pregnancy for low-risk pregnancies, and monthly for pregnant women with confirmed ZIKV infection. Vaginal delivery and natural breastfeeding are advised.

Resumo Desde a descoberta do vírus Zika (VZIK) em 1947 em Uganda, na África, até sua chegada na América do Sul, não se tinha notícia de que ele seria capaz de comprometer a vida reprodutiva emhumanos de forma tão severa.Hoje, sabe-se que os danos sobre o sistema nervoso central são múltiplos, e a microcefalia é considerada a ponta do iceberg, visto que na realidade ela representa o epílogo de um processo devastador desta infecção sobre o sistema nervoso central do embrião e do feto. Em decorrência da agressão do sistema nervoso central pelo VZIK, esta infecção pode provocar artrogripose, disfagia, surdez e comprometimento visual. Todas estas alterações, de gravidade variável, direta ou indiretamente comprometem a vida futura dessas crianças, já sendo considerada uma síndrome congênita ligada aoVZIK. Uma das principais dificuldades na abordagemdessa infecção é relativa ao diagnóstico. Considerando a parte clínica, observa-se que ela apresenta manifestações comuns às infecções pelos vírus da dengue e da febre chikungunya, variando apenasemsuas intensidades subjetivas. As variáveis clínicas mais frequentes são o exantema, febrícula, conjuntivite não purulenta e artralgia. No tocante aos recursos laboratoriais, também existem limitações ao diagnóstico subsidiário. As provas de biologia molecular se fundamentam na reação em cadeia da polimerase (RCP) com ação da transcriptase reversa (TT), visto que o VZIK é umvírus ácido ribonucleico (ARN). ATRRCP apresenta positividade sérica ou plasmática por um período curto de tempo, não ultrapassando cinco dias após início dos sinais e sintomas. Esta pesquisa do VZIK na urina fica positiva por período mais prolongado, chegando a 14 dias. Ainda não existem técnicas seguras para diagnóstico sorológico dessa infecção. Não havendo complicações (meningoencefalite ou síndrome de Guillain-Barré), dificilmente são necessários mais exames complementares para avaliar o comprometimento sistêmico.No entanto, são necessáriasprovaspara descartar as outras infecções que causam exantema, como dengue, chikungunya, sífilis, toxoplasmose, citomegalovírus, rubéola e herpes. Sabe-se que não existe terapia antiviral específica contra o VZIK, e a abordagem terapêutica de gestantes portadoras da infecção limita-se ao uso de antitérmicos e analgésicos. Orienta-se evitar anti-inflamatórios até que o diagnóstico de dengue seja descartado. Sobre a condução do pré-natal, não há necessidade de modificar o cronograma de consultas pré-natais para gestantes que foram infectadas pelo VZIK, mas é necessária a garantia de três exames ecográficos durante a gravidez para gestantes de baixo risco, emensais para a gestante cominfecção confirmada pelo VZIK. Avia de parto é vaginal, e está liberado o aleitamento natural.

Pertussis characterization in the central-west region of São Paulo state, Brazil / Caracterização da coqueluche na região centro-oeste do Estado de São Paulo, Brasil

Pertussis is a highly contagious respiratory disease caused by Bordetella pertussis. This study aimed at characterizing the B. pertussis laboratory positivity and the isolated strains inmunicipalities of the Central-West Region of São Paulo State, Brazil from 2010 to 2014. A total of 597 nasopharyngeal swabs samples were collected from suspected patients and contacts, andanalyzed by in vitro culture and Real-Time PCR (qPCR). Culture-positive B. pertussis strains were characterized by serotyping and pulsed-field gel electrophoresis. Considering culture and/or qPCR, the positivity rate was of 19.6%. Out of 117 samples with B. pertussis, 23 were detected by both methods, 89 by qPCR only and five by culture only. Strains presenting FIM3 (40%), FIM2,3 (32%) and FIM2 (28%) serotypes were found. Five pulsotypes were detected by PFGE,48% of which identified as BP.Xba.0039, being the predominant type in this study. Among the positive strains, 50% were isolated from <2 months old-children and 17% were isolated from three to six months old patients. Non-vaccinated children or with incomplete vaccination schedule were at the major risk of complications and death, highlighting the importance of a continuous monitoring of this infection for the future control strategies.

A coqueluche é uma doença respiratória altamente contagiosa causada por Bordetella pertussis. Este estudo caracterizou a positividade de B. pertussis e as cepas isoladas em municípios da Região Centro-Oeste do Estado de São Paulo de 2010 a 2014. Foram coletados 597 esfregaços nasofaríngeos de pacientes e contatos suspeitos de coqueluche, e analisados por cultura e Real-Time PCR (qPCR). Os isolados de B. pertussis obtidos de cultura foram caracterizados por sorotipagem e eletroforese em gel de campo pulsado. Considerando-se a cultura e/ou qPCR, verificou-se taxa de positividade de 19,6%. Das 117 amostras positivas para B. pertussis, 23 foram detectadas por ambos os métodos, 89 apenas por qPCR e cinco apenas na cultura. Foram detectadas cepas de sorotipos FIM3 (40%), FIM2,3 (32%) e FIM2 (28%). Cinco pulsotipos foram detectados pela PFGE, e 48% identificados como BP.Xba.0039, o tipo predominante neste estudo. Entre as cepas positivas, 50% foram isoladas de crianças menores de dois meses e 17% isoladas da faixa etária de três a seis meses. Crianças não vacinadas ou com esquema de vacinação incompleta têm maior risco de complicações e óbito, o que ressalta a importância do monitoramento contínuo desta infecção para futuras estratégias de controle.

Associação de métodos para detecção de Trypanosoma cruzi em alimentos

A doença de Chagas, causada por Trypanosoma cruzi, afeta cerca de 6 a 8 milhões de pessoas no mundo. No Brasil, a transmissão oral tem se destacado, sendo que a polpa de açaí e o caldo de cana são os alimentos mais envolvidos em surtos. A dificuldade de isolamento de parasitas em alimentos não tem permitido a análise epidemiológica desses episódios. O objetivo do presente estudo foi padronizar um método laboratorial para detecção de T. cruzi em alimentos. Para atingir este objetivo estudamos as seguintes estratégias: i. padronização da PCR convencional (cPCR) e em tempo real (qPCR) para a determinação de T. cruzi em polpa de açaí e caldo de cana; ii. avaliação da semeadura de alimentos contaminados em meio de cultura LIT a fim de aumentar a carga parasitária potencializando a sua detecção na PCR;...

Chagas disease, caused by Trypanosoma cruzi, affects approximately 6 to 8 million people worldwide. In Brazil, oral transmission has been prominent. Acai pulp and sugarcane juice are the foods most frequently involved in outbreaks. The difficulty to isolate parasites in food has not allowed the epidemiological analysis of these episodes. The objective of the present study was to standardize a laboratory method for the detection of T. cruzi in food. To achieve this goal, we studied the following strategies: i. standardization of the conventional PCR (cPCR) and real time (qPCR) to determine T. cruzi in acai pulp and sugarcane juice; ii. evaluation of seeding of infected food in LIT culture medium in order to increase the parasite load, thus enhancing its detection in PCR;...

Comparação da prevalência do HPV-16 em pacientes com carcinoma espinocelular de boca e lesões potencialmente malignas bucais / Comparison of the HPV-16 prevalence in patients with oral squamous cell carcinoma and oral potentially malignant disorders

O papilomavírus humano (HPV) subtipo 16 é um fator de risco para o desenvolvimento do carcinoma espinocelular (CEC) de orofaringe. No entanto, o papel do mesmo na carcinogênese oral, bem como a associação com as lesões potencialmente malignas, permanece controverso. O objetivo deste estudo foi comparar a prevalência do HPV-16, em amostras de tecido fresco, obtidas de 27 pacientes com CEC oral, 37 pacientes com leucoplasia bucal, 24 pacientes com líquen plano bucal (LPB) e 32 pacientes controle, correlacionando a presença do HPV com as variáveis clínico-patológicas em uma população da região noroeste do estado de São Paulo - Brasil. Realizouse a extração do DNA das amostras e a verificação da presença do HPV-16 por meio da Real-Time Polymerase Chain Reaction. Todas as amostras foram negativas para o HPV-16 nos quatro grupos estudados. Conclui-se que a ausência do HPV-16 nas amostras de CEC bucal, leucoplasia e LPB indica que a infecção pelo mesmo não é comum e não representa um fator de risco importante na carcinogênese oral na população da região noroeste do estado de São Paulo ­ Brasil(AU)

Human Papillomavirus (HPV), specially subtype 16, is a known risk factor for the oropharyngeal squamous cell carcinoma (SCC) development. However, HPV role in oral carcinogenesis, as well as in potentially malignant oral lesions remains controversial. The goal of the present study was to compare the HPV16 prevalence, in fresh tissue samples obtained from 27 oral SCC patients, 34 oral leukoplakia (OL) patients, 24 oral lichen planus (OLP) patients and 32 control patients, correlating HPV presence with the clinicopathological variables in a population from northwest region of the Sao Paulo state - Brazil. DNA extraction was carried out and all samples were submitted to Real-Time PCR for HPV-16 DNA detection. We found that all fresh tissue samples of oral SCC, OL, OLP and oral normal mucosa were negative for HPV-16. We conclude that HPV-16 absence in oral SCC, OL and OLP samples indicates that its infection is uncommon and does not represent an important risk factor in oral carcinogenesis in the population from northwest region of the Sao Paulo state ­ Brazil(AU)

Prevalence of C282Y and H63D mutations in the HFEgene in patients from São Paulo and Southern Brazil / Prevalência das mutações C282Y e H63D no gene HFEem pacientes de São Paulo e do Sul do Brasil

ABSTRACT Hereditary hemochromatosis (HH) is an autosomal recessive disorder caused by mutations in the HFE gene; it is characterized by the risk of iron overload. C282Y and H63D are the most associated mutations in HH. This study aimed to determine the frequency of mutations in the south of Brazil and São Paulo. It used the real-time polymerase chain reaction (PCR) technique and the results collected from Genolab data. In 90 individuals, 46.67% had at least one of the mutations for HH. There is a high prevalence of these mutations in both populations, therefore searching for patients under clinical suspicion is recommended.

RESUMO A hemocromatose hereditária (HH) é uma desordem autossômica recessiva provocada por mutações no gene HFE e caracterizada pelo risco de uma sobrecarga de ferro. As mutações mais conhecidas associadas à HH são a C282Ye a H63D. Este estudo teve como objetivo determinar a frequência das mutações no sul do Brasil e em São Paulo. Ele utilizou a técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real e o resultado coletado dos dados do Genolab. De 90 indivíduos, 46,67%possuíam pelo menos uma das mutações para HH. Existe alta prevalência dessas mutações nas duas populações, portanto recomenda-se a busca em pacientes sob suspeita clínica.

Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em umhospital de referência em Fortaleza-CE nos anos de 2011 e 2012

Quatro genótipos de coronavírus humanos (CoVh-229E, OC43, NL63 e HKU1) são frequentemente associados a doenças no trato respiratório superior como também no inferior. Apesar da diversidade de corona vírus associados a infecções respiratórias agudas humanas pouco se conhece sobre o impacto das infecções a eles associadas em populações infantis que vivem em regiões tropicais.O presente estudo teve como objetivo detectar os CoVh em amostras de nasofaringe provenientes de pacientes pediátricos com pneumonia atendidos na emergência e nas enfermarias de um hospital de referência na cidade de Fortaleza –Ceará, durante os anos de 2011 e 2012. Para tanto, foram coletadas 522 aspirados de nasofaringe, onde a princípio foi utilizada a técnica de imunofluorescência indireta (IFI) para detecção dos vírus influenza A e B, sincicial respiratório (VSRh), adenovírus (ADVh), e para influenza 1, 2 e 3 (VPIh 1, 2e 3), sendo 99 (19%) amostras positivas por esta técnica. As amostras negativas por IFI foram submetidas à reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-qPCR) para detecção dos CoVh. Das 423 amostras negativas por IFI, 71 (16,80%) tiveram o resultado positivo para os CoVh, onde o tipo 229E foi o mais frequente (34,11%), seguidos pelos tipos OC43 e NL63 com 28,23% cada e como menor detecção o HKU1 (9,4%). Todos os tipos de CoVh puderam ser observados durante o período de estudo. Uma taxa de 67,60% das crianças infectadas pelos CoVh foram atendidas na emergência, mas vale ressaltar a alta taxa de detecção em pacientes hospitalizados (32,40%)...

Four genotypes of human coronavirus (CoVh-229E, OC43, NL63 and HKU1) are often associated with diseases of the upper respiratory tract as well as in the lower.Despite the diversity of human coronavirus associated with acute respiratory infections, little is known about the impact of infections associated with them in child populations living in tropical regions.The present study had as objective detect CoVh in nasopharyngeal samples from pediatric patients with pneumonia treated at emergency rooms and wards of a referral hospital in the city of Fortaleza -Ceará, during the years 2011 and 2012.To that end, we collected 522 nasopharyngeal aspirates, where the principle indirect immunofluorescence (IIF) was used for detection of influenza A and B viruses, respiratory syncytial virus, adenovirus and parainfluenza 1, 2 and 3, and 99 (19%) samples positive by this technique.Negative samples by IFAwere subjected to polymerase chain reaction in real-time (RT-qPCR) for detection of CoVh. Ofthe 423 negative samples by IFA, 71 (16.80%) had a positive result for CoVh, where the type 229E was the most frequent (34.11%), followed by genotypes OC43 and NL63 with 28.23% each and with lower detection HKU1 genotype (9.4%).We observed 14 (19.71%) co-detections with at most two genotypes among CoVh.All types of CoVh were observed during the study period.A rate of 67.60% of the infected children was treated by CoVh in emergency, but it is worth mentioning the high detection rate in hospitalized patients (32.40%)...

Detection of Toxoplasma gondii DNA in peripheral blood and aqueous humor of patients with Toxoplasmic active focal necrotizing retinochoroiditis using real-time PCR / Detecção de DNA do Toxoplasma gondii no sangue periférico e humor aquoso por PCR em tempo real

ABSTRACT Purpose: To evaluate the ability of real-time quantitative PCR (qPCR) for detectingToxoplasma gondii DNA in the peripheral blood and aqueous humor of patients with toxoplasmic active focal necrotizing retinochoroiditis. Methods: Fifty-five patients with infectious uveitis seen from 2009 to 2013 at the Department of Ophthalmology and Visual Sciences of the Federal University of São Paulo were enrolled in this study. Forty-three patients had toxoplasmic active focal necrotizing retinochoroiditis, and the remaining 12 had non-toxoplasmic infectious uveitis and served as controls. qPCR analysis forT. gondii DNA was performed on the patients' peripheral blood and aqueous humor samples. Results: The qPCR was positive for T. gondii DNA in 37.21% (16/43) of the aqueous humor samples and 2.33% (1/43) of the peripheral blood samples; further, 16.27% (7/43) of the patients had positive results in both their blood and aqueous humor samples. Conclusion: qPCR was able to detect T. gondii DNA in patients with toxoplasmic active focal necrotizing retinochoroiditis in the blood as well as the aqueous humor and can help with the diagnosis of the disease.

RESUMO Objetivo: Analisar o uso do PCR em tempo real (qPCR) na detecção do DNA do T. gondii no sangue periférico e no humor aquoso de pacientes com lesões de retinocoroidite focal, ativa por toxoplasmose. Métodos: Cinquenta e cinco pacientes com uveite infecciosa foram incluídos neste estudo. Os pacientes foram atendidos entre 2009 a 2013, no Departamento de Oftalmologia e Ciências Visuais da Universidade Federal de São Paulo. Quarenta e três pacientes tiveram o diagnóstico de lesões de retinocoroidite focal, ativa por toxoplasmose e, os outros 12 tiveram o diagnóstico de uveíte infecciosa não toxoplásmica e, por isso foram usados como grupo controle. A técnica de qPCR foi utilizada na detecção de DNA do T. gondii em amostras de sangue periférico e humor aquoso. Resultados: O qPCR foi positivo para o DNA do T. gondii em 37,21% (16/43) das amostras de humor aquoso, 2,33% (1/43) nas amostras de sangue periférico e, 16,27% (7/43) em ambas amostras simultaneamente. Conclusão: O qPCR foi capaz de detectar o DNA do T. gondii em pacientes com lesões de retinocoroidite focal, ativa por Toxoplasmose, no sangue bem como, no humor aquoso, podendo ajudar no diagnostico.

Simplifying celaac disease predisposing hla-dq lleles determination by the reaal time pcr method / Simplificação da detecção dos alelos HLA-DQ predisponentes para doença celíaca pelo método de PCR em tempo real

Background Celiac disease is an autoimmune enteropathy triggered by the ingestion of gluten in genetically susceptible individuals. Genetic susceptibility is associated with two sets of alleles, DQA1*05 - DQB1*02 and DQA1*03 - DQB1*03:02, which code for class II MHC DQ2 and DQ8 molecules, respectively. Approximately 90%-95% of celiac patients are HLA-DQ2 positive, and half of the remaining patients are HLA-DQ8 positive. In fact, during a celiac disease diagnostic workup, the absence of these specific DQA and DQB alleles has a near perfect negative predictive value. Objective Improve the detection of celiac disease predisposing alleles by combining the simplicity and sensitivity of real-time PCR (qPCR) and melting curve analysis with the specificity of sequence-specific primers (SSP). Methods Amplifications of sequence-specific primers for DQA1*05 (DQ2), DQB1*02 (DQ2), and DQA1*03 (DQ8) were performed by the real time PCR method to determine the presence of each allele in independent reactions. Primers for Human Growth Hormone were used as an internal control. A parallel PCR-SSP protocol was used as a reference method to validate our results. Results Both techniques yielded equal results. From a total of 329 samples the presence of HLA predisposing alleles was determined in 187 (56.8%). One hundred fourteen samples (61%) were positive for a single allele, 68 (36.3%) for two alleles, and only 5 (2.7%) for three alleles. Conclusion Results obtained by qPCR technique were highly reliable with no discordant results when compared with those obtained using PCR-SSP. .

Contexto Doença celíaca é uma enteropatia autoimmune desencadeada pela ingestão de gluten em indivíduos geneticamente suscetíveis. Essa suscetibilidade genética está associada a dois conjuntos de alelos, DQA1*05 - DQB1*02 e DQA1*03 - DQB1*03:02, que codificam moléculas MHC de classe II DQ2 e DQ8, respectivamente. Aproximadamente 90%-95% dos pacientes celíacos são HLA-DQ2 positivos, e metade dos restantes são HLA-DQ8 positivos. No diagnóstico da doença celíaca, a ausência desses alelos DQA e DQB específicos possui um elevado valor preditivo negativo. Objetivo Nosso objetivo foi melhorar a detecção de alguns alelos predisponentes para doença celíaca, combinando a simplicidade e sensibilidade da técnica de PCR em tempo real (qPCR) e análise da curva de melting com a especificidade dos primers de sequência específica. Métodos Primers de sequência específica para DQA1*05 (DQ2), DQB1*02 (DQ2), e DQA1*03 (DQ8) foram usados para testar a presença de cada alelo em reações independentes. Primers para Hormônio de Crescimento Humano foram usados como controle interno. Em paralelo, foi usado um protocolo de PCR-SSP como um método de referência para validar nossos resultados positivos. Resultados Das 329 amostras testadas, 187 (56.8%) foram positivas para os alelos HLA predisponentes, usando as duas técnicas. Essas 187 amostras positivas foram subdivididas em 114 (61.0%) positivas para apenas um alelo, 68 (36.3%) para dois alelos e apenas 5 (2.7%) para os três alelos. Conclusão Os resultados obtidos pela técnica de qPCR mostraram-se altamente confiáveis, sem resultados discordantes quando comparados àqueles obtidos pelo método PCR-SSP. .

Aplicabilidade da técnica de PCR em tempo real para caracterização de espécies de Leishmania / Aplicability of real time PCR technique for leishmania species characterization

A Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) é causada por protozoários, do gênero Leishmania, envolvidos em um complexo ciclo biológico. No Brasil, sete espécies estão envolvidas com a etiologia da doença, distribuídas em todas as regiões geográficas e responsáveis por diferentes manifestações clínicas. Diante disso, o diagnóstico em conjunto com a identificação da espécie é de grande importância clínico-terapêutica. Este trabalho tem por objetivo avaliar a aplicabilidade da técnica de PCR quantitativa em tempo real (qPCR) para identificação de espécies de Leishmania envolvidas com a etiologia da LTA. Foram realizados ensaios de qPCR para padronização da Temperatura de melting (Tm) utilizando cepas de referência de diferentes espécies de Leishmania. Após o diagnóstico em amostras de sangue de animais domésticos utilizando a qPCR, as amostras positivas foram analisadas através de suas Tm, e os produtos de qPCR foram purificados e sequenciados. Dez amostras previamente caracterizadas por isoenzimas, também foram analisadas através da Tm. Ainda como teste de referência, foi padronizada uma Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) utilizando as cepas de referência e testada nas amostras. Através da padronização da Tm das espécies, foram criados dois intervalos de análise: 1 (Tm = 78-79,99°C), que compreende: Leishmania (V.) braziliensis, Leishmania (V.) panamensis, Leishmania (V.) lainsoni, Leishmania (V.) guyanensis e Leishmania (V.) shawi; e 2 (Tm = 80-82,2°C), que compreende: Leishmania (V.) naiffi, Leishmania (L.) amazonensis e Leishmania (L.) mexicana. Um total de 223 amostras positivas foi analisado, destas, 58 incluídas no intervalo 1 e 165 no intervalo 2. O sequencimento de 94 destas amostras foi correspondente à L. (V.) braziliensis, L. (V.) panamensis e L. (V.) guyanensis. A RFLP em 173 amostras identificou 167 L. (V.) braziliensis, 05 L. (L.) mexicana e 01 L. (V.) panamensis...

The American Cutaneous Leishmaniasis (ACL) is caused by protozoa of the genus Leishmania, involved in a complex biological cycle. In Brazil, seven species are involved in the etiology of the disease, distributed in all geographic regions and responsible for different clinical manifestations. Therefore, the diagnosis together with the identification of the species is of great clinical and therapeutic importance. This work aims to evaluate the applicability of the technique of real-time quantitative PCR (qPCR) for the identification of Leishmania species involved in the etiology of ACL. qPCR assays for standardizing the melting temperature (Tm) using reference strains of different species of Leishmania were performed. After the diagnosis on blood samples of domestic animals using the qPCR positive samples were analyzed by their Tm and qPCR products were purified and sequenced. Ten samples previously characterized by isoenzymes were also analyzed by Tm. Also as a reference test was standardized as Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) using the reference strains and tested on samples. Through standardization of Tm species two ranges of analysis were created: 1 (Tm = 78-79,99°C), comprising: Leishmania (V.) braziliensis, Leishmania (V.) panamensis, Leishmania (V.) lainsoni, Leishmania (V.) guyanensis e Leishmania (V.) shawi; and, 2 (Tm = 80-82,2°C), comprising: Leishmania (V.) naiffi, Leishmania (L.) amazonensis e Leishmania (L.) mexicana. A total of 223 positive samples were analyzed, of these, 58 included in the range 1 and 165 in the range 2 to 94 and the sequence of these samples corresponded to L. (V.) braziliensis, L. (V.) panamensis and L. (V.) guyanensis. By RFLP in 173 samples were identified 167 L. (V.) braziliensis, 05 L. (L.) mexicana and 01 L. (V.) panamensis The analysis of Tm of the ten samples characterized by isoenzymes showed 80% agreement (p = 0.6499) between the gold standard (isoenzymes) and intervals developed in this study...

Transcriptional expression study in the central nervous system of rats: what gene should be used as internal control? / Estudo de expressão transcricional no sistema nervoso central de ratos: qual gene deve ser usado como controle interno?

Objective A growing number of published articles report the expression of specific genes with different behavior patterns in rats. The levels of messenger ribonucleic acid transcripts are usually analyzed by reverse transcription followed by polymerase chain reaction and quantified after normalization with an internal control or reference gene (housekeeping gene). Nevertheless, housekeeping genes exhibit different expression in the central nervous system, depending on the physiological conditions and the area of the brain to be studied. The choice of a good internal control gene is essential for obtaining reliable results. This study evaluated the expression of three housekeeping genes (beta-actin, cyclophilin A, and ubiquitin C) in different areas of the central nervous system in rats (olfactory bulb, hippocampus, striatum, and prefrontal cortex). Methods Wistar rats (virgin females, n=6) during the diestrum period were used. Total ribonucleic acid was extracted from each region of the brain; the complementary deoxyribonucleic acid was synthesized by reverse transcription and amplified by real-time quantitative polymerase chain reaction using SYBR™ Green and primers specific for each one of the reference genes. The stability of the expression was determined using NormFinder. Results Beta-actin was the most stable gene in the hippocampus and striatum, while cyclophilin A and ubiquitin C showed greater stability in the prefrontal cortex and the olfactory bulb, respectively. Conclusion Based on our study, further studies of gene expression using rats as animal models should take into consideration these results when choosing a reliable internal control gene. .

Objetivo Um número crescente de artigos publicados relaciona a expressão de genes específicos com diferentes padrões de comportamento em ratos. Os níveis de transcritos de ácido ribonucleico mensageiro são geralmente analisados por transcrição reversa, seguida de reação em cadeia da polimerase, e quantificados após a normalização com um controle interno ou gene de referência (gene housekeeping). No entanto, os genes housekeeping exibem expressão diferencial no sistema nervoso central, dependendo das condições fisiológicas e da área do cérebro a ser estudada. A escolha de um bom gene de controle interno é essencial para a obtenção de resultados confiáveis. Este estudo avaliou a expressão de três genes housekeeping (beta-actina, ciclofilina A e ubiquitina C) em diferentes áreas do sistema nervoso central de ratos (bulbo olfatório, hipocampo, estriado e córtex pré-frontal). Métodos Foram usadas ratas Wistar (fêmeas virgens, n=6) durante o período de diestro. O ácido ribonucleico total foi extraído a partir de cada região do cérebro; o ácido desoxirribonucleico complementar foi sintetizado por transcrição reversa e amplificado por reação em cadeia da polimerase quantitativo em tempo real utilizando SYBR® Green e primers específicos para cada um dos genes de referência. A estabilidade de expressão foi determinada utilizando NormFinder. Resultados A beta-actina foi o gene mais estável no hipocampo e estriado, enquanto a ciclofilina A e a ubiquitina C apresentaram maior estabilidade no córtex pré-frontal e no bulbo olfatório, respectivamente. Conclusão Com base em nosso trabalho, estudos posteriores de expressão gênica utilizando ratos como modelos animais devem levar ...

SeptiFast for diagnosis of sepsis in severely ill patients from a Brazilian hospital / Uso do SeptiFast para diagnóstico de sepse em doentes graves de um hospital brasileiro

Objective To test and validate a multiplex real-time polymerase chain reaction method for bloodstream infections, as well as to compare the results with conventional blood culture. Methods A total of 114 consecutive patients with clinical evidence of sepsis were submitted to blood culture and LightCycler™ SeptiFast tests. Results More positive specimens (23; 20.2%) were detected using the LightCycler™ SeptiFast than the blood culture (17; 14.9%), with an agreement of 86.8%. Discordant results were seen in four patients positive only to blood culture, ten positive only to LightCycler™ SeptiFast and one to different pathogens found by each test. Infections with microorganisms detected only using blood culture reassured the need to perform both tests. The mean time to results for blood culture was 5 days for negative and 3.5 days for positive results. LightCycler™ SeptiFast results were achieved in less than 8 hours. Conclusion LightCycler™ SeptiFast showed a high potential as a test to be carried out concomitantly with blood culture for sepsis diagnosis in severely ill patients. This test allowed a faster diagnosis of bacterial and fungal infections that helped to reduce hospital stay and to control the use of antibiotics. LightCycler™ SeptiFast can also eventually detect microorganism and infections that are hardly detected by blood culture, especially Candida non-albicans infections. .

Objetivo Testar e validar um método molecular multiplex para detecção de infecções sanguíneas, além de comparar os resultados com os obtidos pela hemocultura convencional. Métodos Os testes de hemocultura e o LightCycler® SeptiFast foram realizados em 114 pacientes consecutivos com evidência clínica de sepse. Resultados Mais amostras positivas (23; 20,2%) foram detectadas pelo LightCycler® SeptiFast do que pela hemocultura (17; 14,9%), mostrando concordância de 86,8%. Os resultados discordantes foram de quatro pacientes positivos apenas para hemocultura, dez positivos apenas para LightCycler® SeptiFast e um com patógenos diferentes encontrados em cada método. Infecções por micro-organismos não reconhecidos pelo LightCycler® SeptiFast e detectados apelas pela hemocultura confirmam a necessidade da realização dos dois métodos. O tempo médio para os resultados da hemocultura foi de 5 dias para amostras negativas e de 3,5 dias para as positivas. Os resultados pelo LightCycler® SeptiFast foram obtidos em menos de 8 horas. Conclusão O LightCycler® SeptiFast mostrou ser um teste de grande potencial para ser realizado simultaneamente à hemocultura para diagnóstico de sepse em doentes graves, permitindo um diagnóstico mais rápido de infecções por bactérias e fungos e, dessa forma, auxiliando a redução do tempo de hospitalização e racionalização do uso de antibióticos. Eventualmente, o LightCycler® SeptiFast pode detectar inclusive infecções por micro-organismos dificilmente detectáveis via hemocultura, especialmente aquelas causadas por Candida não albicans. .

Prevalence of sexually transmitted diseases in female athletes in São Paulo, Brazil / Prevalência de doenças sexualmente transmissíveis em mulheres atletas na cidade de São Paulo, Brasil

Objective : To determine the prevalence of sexually transmitted diseases in female athletes. Methods : An observational, cross-sectional study was conducted including 50 female athletes with mean age of 20±3 years. Colposcopy, pap smear, and polymerase chain reaction for Chlamydia trachomatis, human papillomavirus and Neisseria gonorrhoeae were performed. Blood samples were collected to test for the human immunodeficiency virus, syphilis, hepatitis B and C. The athletes presenting clinical diseases or conditions identifiable by laboratory tests were treated and followed up in the unit. Results : Forty-six percent of the participants were unaware of sexually transmitted diseases. The prevalence of sexually transmitted diseases among athletes was 48% (24 cases). Human papillomavirus was the most frequent agent (44%). Considering the human papillomavirus genotypes, subtype 16 was the most prevalent (53%), followed by 11-6 (22%) and 18 (13%). Two athletes tested positive for C. trachomatis. There were no cases diagnosed of infection by N. gonorrhoeae, syphilis, hepatitis B, hepatitis C and human immunodeficiency virus. However, only 26 athletes had been vaccinated for hepatitis B. Conclusion : The prevalence of sexually transmitted diseases in female athletes was high. Primary prevention measures (hepatitis B and human papillomavirus vaccination) and secondary (serology, pap smears) must be offered to this specific group of women. The matter should be further approached in sports. .

Objetivo : Determinar a prevalência de doenças sexualmente transmissíveis em mulheres atletas. Métodos : Estudo observacional, de corte transversal, que incluiu 50 mulheres atletas com idade média de 20±3 anos. Realizaram-se colposcopia, coleta de colpocitologia oncótica cérvico-vaginal e pesquisa para Chlamydia trachomatis, papilomavírus humano e Neisseria gonorrhoeae, pelo método do reação de cadeia de polimerase. Amostras de sangue foram obtidas para pesquisa de vírus da imunodeficiência humana, sífilis, hepatite B e C. As atletas que apresentaram doenças clínicas ou laboratorialmente identificáveis receberam tratamento e acompanhamento no serviço. Resultados : Dentre as participantes, 46% relataram desconhecimento acerca das doenças sexualmente transmissíveis. A frequência de doenças sexualmente transmissíveis nas atletas foi de 48% (24 casos). Isoladamente, o papilomavírus humano foi o agente mais frequente (44%). Considerando o tipo de genótipo do papilomavírus humano, o subtipo 16 foi o mais prevalente (53%), seguido do 6-11 (22%) e do 18 (13%). Duas atletas tiveram resultado positivo para C. trachomatis. Não foi diagnosticado nenhum caso de infecção por N. gonorrhoeae, sífilis, hepatite B, hepatite C e vírus da imunodeficiência humana. Contudo, somente 26 atletas haviam sido vacinadas para hepatite B. Conclusão : A prevalência de doenças sexualmente transmissíveis em mulheres atletas foi elevada. Medidas de prevenção primária (vacinação para hepatite B e papilomavírus humano) e secundária (sorologias e colpocitologia) devem ser fornecidas a esse grupo específico de mulheres. O assunto deve ser abordado no meio desportivo. .

Identificação do gene EBER1 e EBNA1 do vírus de Epstein Barr (EBV) em tecidos de pacientes com doença de Hodgkin na região Norte do Brasil / Identification of gene EBER1 and EBNA 1 of Epstein Barr virus (EBV) in tissues of patients with Hodgkin’s disease in Northern Brazil

O vírus de Epstein Barr (EBV) é o agente causador da mononucle¬ose infecciosa e está associado a várias desordens proliferativas malignas tais como: linfoma de Burkitt, linfoma de Hodgkin e lin¬fomas não Hodgkin. Objetivo: detectar o genoma do EBV mediante a identificação dos genes EBER1 e EBNA1 em casos de doença de Hodgkin. Métodos: um total de 65 casos de linfomas diagnosti¬cados no Hospital Ophir Loyola no período de 1996 e 2005 foram analisados no Instituto Evandro Chagas, Ananindeua, Brasil. Todos os espécimes parafinizados foram analisados por hibridização in situ (gene EBER1) e PCR em tempo real (EBNA1). Resultados: do total, 64,6% (42/65) dos pacientes eram do sexo masculino e 35,4% (23/65) do sexo feminino. O EBV foi identificado por HIS nas células Reed Sternberg e variantes em 76,9% (50/65) dos casos com idade média de 28,3 anos (variação 2-84 anos). Os subtipos histológicos de casos EBV-positivos foram os seguintes: esclerose nodular em 50% (25/50), celularidade mista em 28% (14/50), depleção linfocitária em 14% (7/50) e predominância linfocitária em 8% (4/50). O DNA do EBV foi detectado em 53% (26/49) dos casos de doença de Hodgkin com um coeficiente de regressão para a curva padrão de 0,99. Conclusão: este estudo foi a primeira descrição do vírus de Epstein Barr em casos de linfoma de Hodgkin na Amazônia Brasileira, reforçando a hipótese de que o EBV seja um co-fator no processo de transformação neoplásica em conjunto com a predisposição genética e imunidade do paciente

Introduction: EBV is the causative agent of infectious mononucleosis and is associated with several malignant proliferative disorders such as Burkitt’s lymphoma, Hodgkin’s lymphoma, some B and T cell non-Hodgkin’s lymphomas. Objective: The main objective of the study was to determine the prevalence of EBER 1 gene and EBNA1 gene in cases of Hodgkin’s disease. Material and Methods: A total of 65 cases of lymphomas diagnosed between 1996 and 2005 were obtained from “Instituto Ofir Loyola” and analyzed at the “Instituto Evandro Chagas” Ananindeua, Brazil. The EBV antigens using EBER 1 probe in situ hybridization (HIS) and real time quantitative PCR. Results: From the total obtained, 64.6% (42/65) were male and 35.4% (23/65) female. EBV was identified in the Reed- Sternberg cells and variants in 76.9% (50/65) of Hodgkin’s disease cases, the median age were 28.3 years (range 2-84). The histologic subtypes of EBV-positive cases were as follows: nodular sclerosis in 50% (25/50), mixed cellularity in 28% (14/50), lymphocyte depletion in 14% (7/50) and lymphocyte predominance in 8% (4/50). We detected EBV DNA in 53% (26/49) with a coefficient of regression for the standard curve of a minimum of 0.99. Conclusion: These results were the first demonstration of the role of Epstein Barr virus in cases of Hodgkin diseases in northern Brazil and are consistent with the hypothesis that the presence of EBV during neoplasic transformation could be an additional cofactor acting together with both genetic predisposition and immunity of the patient